1857 nyarán indult útnak a Sárospataki Füzetek. Első szerkesztője, Erdélyi János, a pataki főiskola tanára volt. Erdélyi akkor a „bölcsészet és nevelés” tanáraként dolgozott itt, országos hírnévnek örvendő irodalmár, az MTA és a Kisfaludy Társaság tagja volt, a legkitűnőbb magyar esztétikusok és kritikusok egyike. A kiadói felelősséget Hegedűs László alsózempléni esperes és Szeremley Gábor „hittanár”, azaz a dogmatikai tanszék vezetője vállalta magára. A szerkesztői szándék így fogalmazódott meg a folyóirat alcímében:
„Protestáns és tudományos folyóirat”,
mely „Egyház és nevelés, tudomány és irodalom körében” óhajtott tanulmányokat, cikkeket, közleményeket közreadni. A tudományos folyóirat belső szerkezete így oszlott meg: egyház és hittan, egyháztörténet, nevelés, tanügy, bölcsészet, műtörténelem, művészetek, irodalom, könyvismertetés, bírálatok, vegyes közlemények.A Sárospataki Füzetek 13 évfolyamára egyaránt jellemző, hogy a kor tudományosságának legmagasabb színvonalán állt. Forrásértéke – elsősorban a Tiszáninneni Egyházkerület történetére nézve – szinte egyedülálló, majd csak a Sárospataki Református Lapok veszi fel vele később a versenyt. Nem elhanyagolható, hogy a tanárokat tudományos munkára ösztönözte s egyben tért adott publikációs tevékenységüknek. De bevonta az országos tekintélyű szakírókat munkatársi körébe éppúgy, mint a tiszáninneni, igényes szellemi élet élő lelkipásztorokat. Legfőképpen pedig bekapcsolta a Kollégiumot a hazai tudományos-irodalmi vérkeringésbe. Öntudatos, igényes egyházi életre nevelt, „a jelennek tüköre, a múltnak forrása volt.” 1869-ben jelent meg az utolsó lapszám, majd 1904-ben indult újra a csupán két évfolyamot megért azonos nevű utódlap.
A Sárospataki Református Teológiai Akadémia 1992-ben történt újraindulását követően az akkori tanári kar 1997-ben indította útjára ismét a folyóiratot, mint az Akadémia tudományos közlönyét.
